遺伝子の発現と維持にかかわる分子機構と、その破たんによる疾患解明がテーマであり、特に核酸に結合して様々な代謝経路に働く因子群について、細胞あるいは複合体内局在解析から遺伝情報の発現あるいは維持にかかわる分子機構の解明を目指している。電子顕微鏡や共焦点レーザー顕微鏡、リアルタイム顕微鏡観察などの形態学的解析とともに、網羅的な遺伝子解析やタンパク質間の相互作用の解析を組み合わせて研究を進めている。
　中枢神経系の自己免疫性炎症性疾患では、疾患毎にリンパ球や抗体などの攻撃因子および標的となる組織部位が異なる。当分野では、神経特異的自己抗体が介在する免疫性神経疾患を対象として、部位特異的に生じる免疫反応のトリガー、自己抗体やエフェクターリンパ球による神経組織の傷害機序、免疫反応の結果として生じるグリアや神経細胞の分子動態変化と神経症候との関連、血液脳関門に守られた脳が炎症の標的となるプロセスなどを動物モデルや組織培養系を用いて研究を進めている。

　哺乳類多倍体細胞の研究を行っている。我々の体の細胞の多くは両親から受け継いだ各 1 倍体量の DNA を含む 2 倍体であり、細胞形質は父方と母方の DNA 発現のバランスに依存している。細胞の倍数性が 2 倍体から変化すれば細胞形質も変化すると期待される。我々は 4 、 5 、 6 、 8 、 10 倍体 H1 胚性幹細胞など多くの多倍体細胞を樹立し、 2 倍体細胞からは得ることができない細胞形質を持つ細胞を作製しようとしている。

　多細胞動物では個々の細胞の機能や役割は個体の生存と生殖のために厳密に制御されている。腫瘍細胞は悪性化に伴い個体内で増殖、移動しその生息域を広げ、最終的に個体を殺す。この過程で腫瘍細胞は、発生過程や組織再構築過程などにおいて正常個体が用いる制御機構を巧みに借用する。さらに、様々な体内微小環境で生存、増殖すべく自分自身をも変化させる。このような生物学的特性に基づく悪性化進展の機構の解明を目指す。

　細胞内タンパク質は、遺伝子レベルにおいてその発現が調節されるだけでなく、翻訳後修飾によっても制御されている。ユビキチンによる翻訳後修飾は、タンパク質分解経路のみならず、細胞内分子シグナルとして、細胞分裂、免疫、発生、遺伝子転写、DNA修復、癌など生体内機能のほぼ全ての経路に関与している。中でもN-end rule経路に注目し、生化学、分子生物学的手法を中心に、タンパク質分子、細胞、遺伝子改変マウスを使って、生理機能とその分子機構の研究を行っている。また、もう一つの重要な蛋白質分解系であるオートファジーが、N-end rule経路と密接な関係にあり、その分子経路の解明を進めている。

　本分野では、加齢を促進させる危険因子の解明を基盤として、加齢に伴う疾患（動脈硬化、がん、認知症など）に対する先端的診断・治療法の開発を行い、病的老化の克服を目指している。特に、鉄代謝異常に伴う鉄過剰、食物中や体内で産生される終末糖化蛋白、さらに腸内環境の破綻に伴う代謝 / 免疫異常などで誘導される酸化ストレスを加齢促進の大きな要因と捉え、網羅的な蛋白質 / 遺伝子解析を駆使してその機序の解明を行っている。

　生体内で生成される各種 終末糖化産物（ advanced glycation end-products, AGEs ） の中でも、特に糖代謝中間体の glyceraldehyde に由来する AGEs （ TAGE と命名）が AGEs 受容体（ receptor for AGEs, RAGE ）を介して生活習慣病の発症・進展に強く関わっていることを解明し、“ TAGE-RAGE 病因説 ”を世界に先駆けて提唱するに至っている。本分野では、未病も含めた 生活習慣病の予防、早期診断、治療の有効性を評価するマーカーとしての TAGE の 有用性を探っている。

　本分野は、染色体分析を実施している。また、 FISH 法は染色体分析と併用して実施している。材料は、羊水、末梢血、流産絨毛組織などを主に扱っており、現在年間８００件以上の分析のご依頼をいただいている。ただ、現在の分析処理能力は限界に近いものとなっているので、現状では学外からの新規検査のご依頼は遠慮いただいている。

　抗がん剤や分子標的薬などの癌細胞への影響を分子レベルで解析し、薬剤耐性機序の解明と臨床応用をめざす。また既存の治療薬以外に、基礎研究によって発見された新規腫瘍制御分子を診断や治療に応用できるように、臨床検体を用いた橋渡し研究を行う。

　私立大学における学術研究基盤の強化を図るために、文部科学省が公募した支援事業のハイテクリサーチセンター事業に本学も応募して、平成 9 年、 11 年、 14 年、 19 年の 4 期にわたり、各 5 年計画の合計 12 プロジェクトが選定され多くの本学の研究者が参加した。その後、戦略的研究支援事業と名称が変更され、平成 21 年には本学でも 2 プロジェクトが採択された。合計 13 のプロジェクトでは研究費の支援のほかに、大型の研究機器・施設の整備が補助されている。これらの最新の機器・施設は現在、総合医学研究所の下におかれ、プロジェクト研究の終了後も全学の研究者の共同研究に供されるように管理運営されている。

　公的助成（総務省、独立行政法人国際協力機構）、科研費助成による諸研究が行われている。�@「眼部への電波ばく露の定量的調査に関する研究」（総務省委託研究）、�A「中国低所得農民層の失明実態調査（国際協力機構助成）、及び「遼寧省内低所得者を対象とする眼科診療サービス」（中国医科大学眼科との共同研究）、 (外務省助成)、�B日-台眼科国際共同研究「熱帯地域における紫外線による眼疾患の実態調査と小児期眼部被曝の影響の解明に関する研究」（東北文化学園大、中山医学大）（厚労省科研費助成、台湾厚生省助成）、�C紫外線、赤外線の実験、疫学研究（独立行政法人環境研、同産総研との共同研究（科学研究助成「マネキン型紫外線測定器による眼部紫外線被曝の測定と眼部UVインデックスの提唱、赤外線曝露による眼内三次元動態解析」、�D東京電力福島第一原子力発電所における緊急作業従事者の放射線被ばく量と水晶体混濁発症に関する調査（厚労省科研費助成、放射線影響研究所との共同研究）

　本ラボは学内研究者が短期間（ 2 ケ月 ~1 年）使用できる実験室を提供している。自由度を持った創造的な萌芽研究、共同研究を推進する場としての役割を有する。